Τα πρώτα χρόνια

To Club άρχισε την ύπαρξή του το 1899 ως μια άτυπη ομάδα ενθουσιωδών νέων γύρω από το ποδόσφαίρο μέσω της λέσχης Hamburg-St. Pauli Turn-Verein 1862. Αυτή η ομάδα έπαιξε τον πρώτο αγώνα της το 1907 ενάντια σε μια παρόμοια πλευρά που συγκεντρώθηκε από την τοπική κολυμβητική λέσχη Aegir. Επίσημα καθιερώθηκε στις 15 Μαΐου 1910. Το όνομα της ομάδας ήταν αρχικά St. Pauli TV in the Kreisliga Groß-Hamburg (Alsterkreis) έως το 1924, όταν διαμορφώθηκε μια νέα λέσχη ποδοσφαίρου αποκαλούμενη FC St. Pauli. Η ομάδα έως το 1934 που έπαιξε στην Gauliga Nordmark, (Μια από τις δεκαέξι κορυφαίες κατηγορίες που δημιουργήθηκαν στην αναδιοργάνωση του γερμανικού ποδοσφαίρου που πραγματοποιήθηκε κάτω από το τρίτο Ράιχ), θεωρούνταν μικρομεσαία και δεν είχε κάποια σοβαρή διάκριση. Υποβιβάστηκε ξανά το 1940 και εμφανίστηκε πάλι στην Gauliga Hamburg το 1942, όπου και έπαιζε μέχρι το τέλος του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου.

Μετά από τον πόλεμο, η ομάδα έπαιζε στην Oberliga Nord το 1947. Η δεύτερη θέση που παίρνει στην σεζόν 1947-48, οδηγεί την St. Pauli στην πρώτη της εμφάνιση στην Εθνική κατηγορία. Προχώρησαν μέχρι τα ημιτελικά που τελικά αποκλείστηκαν με 2-3 από το φαβορί της διοργάνωσης την 1.FC Nόrnberg. Η λέσχη συνέχισε να παίζει καλά μέχρι τις αρχές της δεκαετίας του '50, ποτέ όμως δεν μπόρεσαν να υπερπηδήσουν τον μεγάλο αντίπαλο, Hamburger SV. Στις πέντε από τις επόμενες επτά χρονιές τερμάτισαν δεύτεροι. Στα τέλη της δεκαετίας και αρχές των ’60 ομάδες όπως η Werder Bremen και η VfL Osnabrock, προσπέρασαν την FC St.Pauli και οι καλύτερες θέσεις που πήρε ήταν τέταρτη!

Η προσπάθεια για την άνοδο στην Bundesliga.

Το 1963, όταν δημιουργήθηκε η Bundesliga, η νέα επαγγελματική κατηγορία της Δυτικής Γερμανίας, προβιβάστηκαν το Hamburger SV, η Werder Bremen και η Eintracht Braunschweig που είχαν τερματίσει στις τρεις πρώτες θέσεις της Oberliga Nord, όταν η FC St.Pauli είχε τερματίσει τέταρτη και έτσι βρέθηκε στην δεύτερη κατηγορία, την λεγόμενη Regionalliga Nord.

Σχεδόν μιάμιση δεκαετία απογοήτευσης ακολουθεί. Η FC St.Pauli κατακτά την πρώτη θέση το 1964 αλλά στον όμιλο playoff για την άνοδο μένει τελευταία. Το 1966 κατακτούν την Regionalliga Nord και αν και η απόδοσή τους ήταν πάρα πολύ καλή στα playoff και πάλι δεν μπόρεσαν να κερδίσουν την άνοδο, αφού την έχασαν από την Rot-Weib Essen στην διαφορά των γκολ. Το 1972 και το 1973 κατακτά και πάλι το πρωτάθλημα στην Regionalliga Nord και πέρνει την δεύτερη θέση το 1971 και το 1974. Και τις τέσσερις χρονιές όμως δεν μπόρεσε να πάρει την άνοδο στη Bundesliga.

Η επιτυχία της Bundesliga και η ανάπτυξη του επαγγελματικού ποδοσφαίρου στην Δυτική Γερμανία οδήγησαν στην δημιουργία της δεύτερης κατηγορίας της Bundesliga, το 1974. H St.Pauli ήταν κομμάτι αυτής της κατηγορίας και το 1977 επιτέλους καταφέρνει να πάρει την πρώτη θέση και αυτόματα την άνοδο. Το αρνητικό ήταν οτι την αμέσως επόμενη χρονιά υποβιβάστηκε ξανά.

Η επιστροφή στην δεύτερη κατηγορία ήταν επίσης μικρή. Στα πρόθυρα της πτώχευσης στα μέσα του 1979, δεν ανανεώθηκε η άδεια συμμετοχής για την επόμενη χρονιά με αποτέλεσμα να υποβιβαστεί η ομάδα στην Oberliga Nord (III).

H καλή απόδοση της ομάδας την φέρνει στην κορυφή της κατηγορίας το 1981 και το 1983 αλλά τα οικονομικά της ομάδας εξακολουθούν να είναι άθλια. Το 1984 καταφέρνουν να επιστρέψουν στην 2.Bundesliga όταν τερμάτισαν δεύτεροι πίσω από την δεύτερη ομάδα της Werder Bremen, η οποία στην πραγματικότητα είχε τερματίσει δεύτερη αλλά δεν είχε δικαίωμα να προβιβαστεί.

St. Pauli και το φαινόμενο "Kult"

Ήταν στα μέσα της δεκαετίας του 80 όταν η FC St. Pauli από μια παραδοσιακή ομάδα, μετατρέπονταν σε έναν Kult σύλλογο. Μάλιστα άλλαξαν και την έδρα τους κοντά στην περιοχή που είναι οι αποβάθρες της πόλης στο διάσιμο Reeperbahn. To κέντρο της νυκτερινής ζωής της πόλης και κοντά στα «κόκκινα φανάρια»

Μια εναλλακτική μορφή οπαδών παρουσιάστηκε για την ομάδα με αυτό, αριστερών πολιτικών φρονημάτων αλλά και λόγο της ατμόσφαιρας που επικρατούσε στο γήπεδο σε κάθε αγώνα. Οι οπαδοί υιοθέτησαν την πειρατική σημαία ως το ανεπίσημο έμβλημά τους.

Είναι σημαντικό οτι η FC St. Pauli έγινε η πρώτη ομάδα στην Γερμανία που απαγόρευσε επίσημα καθετί φασιστικό ή εθνικιστικό στο γήπεδό του, σε μια εποχή που ο φασισμός του ποδοσφαιρικού χουλιγκανισμού απειλούσε το ποδόσφαιρο σε όλη την Ευρώπη. Το 1981 η ομάδα είχε ενα μέσω όρο 1.600 εισιτηρίων και μετά τα μέσα της δεκαετίας του ’90 κάνουν συχνά sold-out τα 20.000 περίπου εισιτήρια που χωράει το γήπεδο.

Στη νέα χιλιετία

Η πιο πρόσφατη εμφάνιση της ομάδας σε μεγάλη κατηγορία, την σεζόν 2001-2002, την οδήγησε σχεδόν σε πτώχευση για ακόμα μια φορά. Έτσι λοιπόν άρχισαν δραστηριότητες οι οποίες θα τους απέφεραν κέρδη, το αποκαλούμενο Retteraktion. Τύπωσαν μπλούζες με το σήμα της ομάδας και το σλόγκαν Retter (σωτήρας / λυτρωτής) και περισσότερες απο 140.000 πωλήθηκαν μέσα σε περίπου 6 εβδομάδες. Οργάνωσαν επίσης και ενα φιλικό παιχνίδι ενάντια στην Bayern Munich με σκοπό τα έσοδα του αγώνα να διατεθούν για την σωτηρία της ομάδας.

Το φιλανθρωπικό πρόσωπο της ομάδας είναι πολύ ενεργό, αφού σε συνεργασία με τους οπαδούς άρχισαν την εκστρατεία viva con agua de sankt pauli που συλλέγει χρήματα για τους διανομείς καθαρού νερού στα σχολεία της Κούβας.

Κατά την διάρκεια της σεζόν 2005-2006 η ομάδα γνώρισε πρωτοφανή επιτυχία στο κύπελλο Γερμανίας DFB Cup, με νίκες απέναντι στην Burghausen, την Bochum και πολύ περισσότερο εναντίων ομάδων της Bundesliga, όπως οι Herta Berlin και στα ημιτελικά τον Ιανουάριο του 2006 την Werder Bremen. H νίκη με 3-1 στο sold-out Millerntor και η θέση στα ημιτελικά απέφεραν στον σύλλογο περίπου ενα εκατομμύριο eurο από τηλεοπτικά και χορηγίες, τα οποία ήταν αρκετά για να καλύψουν τα άμεσα οικονομικά προβλήματα.

Αμέσως μετά τις νίκες στο κύπελλο ο σύλλογος τύπωσε μια νεα παρτίδα μπλουζάκια με το σύνθημα "Wir sind Pokal" (We Are Cup), εμπνευσμένοι απο τον διάσημο τίτλο της Bild το 2005 "Wir sind Papst" (We Are Pope).

Η FC St.Pauli βγήκε τελικά εκτός κυπέλλου οταν ηττήθηκε απο την Bayern Munich με 0-3 στις 12 Απριλίου.